Mit nur 290 Anhängern ist der karaimische Glaube die kleinste der traditionellen Religionen in Litauen. Obwohl von vielen Juden als eine Art Judentum betrachtet, haben sich die Anhänger des litauischen Karaismus immer als einer anderen Religion zugehörig betrachtet.

Im Gegensatz zu den Juden erkennen die Karäer Bibelkommentare nicht als göttlich an. Jeder Karäer wird erwartet, das Alte Testament selbst zu verstehen. Der litauische Karaismus, der im 8. Jahrhundert im Irak entstand und sich in Osteuropa weiterentwickelte, vermischte viele christliche und islamische Praktiken. Andere Traditionen sind einzigartig für den Karaismus.

Es gibt noch zwei Kenesas (karaimische Gebetshäuser) in Litauen. Eine in Trakai und eine in Vilnius.