Gewidmet dem Heiligen Clemens, dem dritten Papst nach dem Heiligen Petrus. Es gibt 3 Ebenen, die jeweils zu einer anderen Epoche gehören. Auf der Hauptebene sind die Säulen von antiken römischen Monumenten „recycelt“. Die Bögen, die sich an der Tür zum Sakristeibereich/Ticketschalter für die archäologische Stätte befinden, stammen aus der unterirdischen Basilika. Unter der Erde sind keine Fotos oder Videos erlaubt.

San Clemente, in der Nähe des Kolosseums, ist ein perfektes Beispiel dafür, wie Geschichte in Roms Kirchen noch immer in Schichten existiert. Die heutige Kirche aus dem 12. Jahrhundert beherbergt wahrscheinlich das schönste Mosaik Roms und steht auf einer Kirche aus dem 4. Jahrhundert, die über einem christlichen Versammlungsort aus dem 1. Jahrhundert erbaut wurde, der sich wiederum über einem Mithras-Tempel und einer Schule aus dem 1. Jahrhundert v. Chr. befindet. Die Überreste des Heiligen Clemens I. (gest. 80) und des Heiligen Ignatius von Antiochien (gest. 107) ruhen unter dem Hauptaltar. Eine Kapelle auf der rechten Seite des Kirchenschiffs ist den Heiligen Kyrill (gest. 869) und Methodius (gest. 885) gewidmet. Die Reliquie des Heiligen Kyrill, die in den 1960er Jahren gefunden wurde, ruht im Altar dieser Kapelle.