Al sur de la Mezquita de Yashar Pasha se encuentra el Museo Nacional de Kosovo. El museo más importante y grande del país fue fundado en 1949 para la restauración, preservación, conservación y presentación del patrimonio cultural de la entonces provincia de Kosovo. Alberga más de 50.000 piezas de arqueología, numismática, etnología, historia moderna y ciencias naturales. Se espera que otros 1.200 artefactos sean transferidos en un futuro próximo desde el Museo Nacional de Belgrado; la pieza más valiosa, una deidad neolítica de terracota de 6000 años de antigüedad encontrada en 1956 cerca de Prishtina, ya forma parte de las exposiciones.

Este complejo de edificios data de 1889 y presenta un estilo arquitectónico típicamente austrohúngaro; originalmente sirvió para fines militares y de 1945 a 1975 como sede del ejército yugoslavo. En el tercer piso se encuentran las oficinas del Instituto Arqueológico.

La sección etnográfica se encuentra en un complejo separado al norte del casco antiguo. En 2014, el museo fue reabierto después de extensas obras de restauración; hay paneles informativos en inglés disponibles. (La entrada es gratuita hasta ahora, abierto de lunes a sábado, de 10:00 a 20:00 h).