Dedicada a San Clemente, el tercer papa después de San Pedro. Hay 3 niveles, cada uno perteneciente a una época diferente. En el nivel principal, las columnas son "recicladas" de antiguos monumentos romanos. Los arcos ubicados junto a la puerta de la sacristía/taquilla del sitio arqueológico son de la basílica subterránea. No se permiten fotos ni videos bajo tierra.

San Clemente, cerca del Coliseo, es un ejemplo perfecto de cómo la historia aún existe en capas en las iglesias de Roma. La iglesia actual del siglo XII presenta probablemente el mosaico más hermoso de Roma, y se asienta sobre una iglesia del siglo IV construida sobre un lugar de reunión cristiano del siglo I que está sobre un templo y escuela mitraica del siglo I a.C. Los restos de San Clemente I (m. 80) y de San Ignacio de Antioquía (m. 107) descansan bajo el altar mayor. Una capilla en el lado derecho de la nave está dedicada a los Santos Cirilo (m. 869) y Metodio (m. 885). La reliquia de San Cirilo encontrada en la década de 1960 descansa dentro del altar de esta capilla.