Dédiée à Saint Clément, le troisième pape après Saint Pierre. Il y a 3 niveaux, chacun appartenant à une époque différente. Au niveau principal, les colonnes sont « recyclées » à partir d'anciens monuments romains. Les arches situées près de la porte de la sacristie/billetterie du site archéologique proviennent de la basilique souterraine. Les photos et vidéos sont interdites en sous-sol.

San Clemente, près du Colisée, est un exemple parfait de la façon dont l'histoire existe encore en couches dans les églises de Rome. L'église actuelle du XIIe siècle présente probablement la plus belle mosaïque de Rome, et se trouve au-dessus d'une église du IVe siècle construite sur un lieu de rencontre chrétien du Ier siècle, lui-même au-dessus d'un temple et d'une école mithraïques du Ier siècle av. J.-C. Les restes de Saint Clément Ier (mort en 80) et de Saint Ignace d'Antioche (mort en 107) reposent sous l'autel principal. Une chapelle sur le côté droit de la nef est dédiée aux Saints Cyrille (mort en 869) et Méthode (mort en 885). La relique de Saint Cyrille, découverte dans les années 1960, repose dans l'autel de cette chapelle.