Eine der bedeutendsten kulturellen Sehenswürdigkeiten bei Pejë und des Landes überhaupt ist das Patriarchenkloster, es liegt direkt am Eingang der Rugova-Schlucht am Fluss Bistrica.

Der Ursprung des eindrucksvollen mittelalterlichen Klosterkomplexes inmitten der sehr gepflegten Gartenanlage geht auf das frühe 13. Jhd. zurück. Der Patriarchensitz war das spirituelle Zentrum der serbischen Erzbischöfe und zudem für viele ihre Grabstätte. Mit seinen Kunstschätzen und Schreinen gilt das Konvent als Schatzkammer serbischer Geschichte und einer der heiligsten Orte der serbisch-orthodoxen Kirche. 2006 schaffte es das einzigartige Bauwerk auf die Liste der UNESCO-Weltkulturerben, bereits 1947 wurde es zu einem außerordentlich wichtigen Kulturdenkmal erklärt. Gleichzeitig aber steht es aufgrund der immer noch schwierigen Sicherheitslage auf der Roten Liste der geschützen Denkmäler. Das Anwesen wird heute unter dem Schutz der KFOR von orthodoxen Nonnen bewirtschaftet.

Da das Kloster Žiča am Fluss Ibar (bei Kraljevo/Serbien), der erste Sitz des serbisch-orthodoxen Erzbistums, durch die ungarische Armee stark bedroht war, betraute der Heilige Sava von Serbien seinen Nachfolger Arsenije mit der Wahl eines neuen Standortes für das Erzbistum. So entstand im ersten Drittel des 13. Jhd., an jener exponierten Stelle am Ausgang der Rugova-Schlucht, zunächst die Heilige Apostelkirche auf den Ruinen eines kleinen Kirchleins aus dem 11. Jhd. Der Stil war sehr schlicht gehalten, einschiffig, mit einer Kuppel und einer halbkreisförmigen Apsis. Die ersten Fresken entstanden zwischen 1250 und 1260. Von 1253 bis 1285 befand sich hier dann der vorübergehende serbisch-orthodoxe Kirchensitz, bevor man ihn 1291 endgültig vom Kloster Žiča hierher verlegte.

Die kleine Seitenkapelle der Apostelkirche wurde zwischen 1321 und 1324 im byzantinischen Stil mit kreuzförmigen Grundriss durch die Demetriuskirche ersetzt, zwischen 1330 und 1337 entstand die südlich angebaute, stilähnliche Kirche der Gottesmutter Hodegetria (Marienkirche) sowie die Nikolauskapelle. 1346 verlieh Stefan Uroš IV. Dušan Pejë den Rang eines Patriarchats. Und auch nachdem die Osmanen die Herrschaft über das Serbische Reich übernommen hatten, blieb Pejë bis zum Tod von Arsenije II. 1463 Sitz der serbisch-orthodoxen Kirche, dann wurde das Patriarchat von Sultan Mehmed II. aufgehoben, erfuhr aber umfangreiche Restaurierungen und Erweiterungen, zudem entstanden neue Fresken.

Im 16. Jhd. erfolgte der Umbau zu einer geschlossenen Einheit und somit vereinte der Komplex fortan vier Kirchen mit einem gemeinsamen, offenen Narthex für die drei großen. Ende des 17. Jhd. brachte der österreichisch-türkische Krieg Bedrohungen für das Patriarchat mit sich. Die wertvollsten Kirchenschätze wurden nach Graçanica gebracht, jedoch dort von den Türken entdeckt und geplündert, das Gleiche geschah mit den in Pejë verbliebenen Schätzen, als Arsenije III. 1689 nach Österreich floh. Ein großteil der Wertgegenstände konnte später zurückgekauft werden.

Im 18. Jhd. gelangte Pejë unter Druck des Ökumenischen Patriarchats von Konstantinopel und schließlich unter griechische Leitung. Im Jahre 1831 wurde das Patriarchat erneut geplündert, diesmal von Pascha Arslan von Bosnien. Mitte des 19. Jhd. entstand ein Gästehaus, die Wassermühle wurde restauriert und die Fresken erweitert. Nach dem Ende des Ersten Weltkrieges erlangte das Patriarchat seine volle Funktion wieder, wurde jedoch nach dem Zweiten Weltkrieg in ein Kloster umgewandelt. Es erfolgten umfangreiche archäologische Arbeiten, man legte Tempelmauern und einen Friedhof aus der frühchristlichen Epoche frei. Die stattlichen Steelen tragen Inschriften in lateinischer Sprache.

1981 wurde das alte Wohnheim von albanischen Extremisten in Brand gesetzt und während des Krieges war das Kloster immer wieder brutalen Anschlägen ausgeliefert. Heute ist das ehemalige Patriarchat immer noch ein wichtiges serbisch-orthodoxes Zentrum der Region, es leben dort 26 Nonnen und ein Abt unter dem Schutz italienischer KFOR-Soldaten.

Der Klosterkomplex präsentiert sich trotz der unterschiedlichen Epochen als harmonische Einheit und gilt in seiner Bauweise als einzigartig in der serbischen Kirchenbaukunst. Die gut erhaltenen Fresken zeigen anschaulich die Entwicklung serbischer Kirchenmalerei über vier Jahrhunderte hinweg. In der Apostelkirche dominiert der byzantinische Stil und allgemeine Darstellungen wie die Christi Himmelfahrt in der Kuppel, das Abendmahl und die Auferweckung des Lazarus. Die Darstellungen der Demetriuskirche beschreiben das Leben der Heiligen und die Kirchenfeste. Die Fresken der Marienkirche sind Jesus und den Propheten sowie dem Stammbaum der Nemanjiden gewidmet. Zum umfangreichen Klosterschatz gehören Ikonen aus dem 14. bis 19. Jhd. und Handschriften in altslawischer Sprache. Zugleich ist das Patriarchat das größte Mausoleum serbischer Würdenträger. Vom 13. bis zum 15. und im 17. Jhd. wurden die Erzbischöfe hier begraben, das Kloster enthält Reliquien der bedeutenden serbischen Kirchenführer. 2006 erfolgte die Wiederherstellung des Klosters, dabei wurden zwei bislang unbekannte Fresken an der Außenfassade der St. Demetriuskirche entdeckt. Im März 2009 veranlasste Bischof Artemije in einer Nacht-und-Nebel-Aktion mittels seiner eigener Baufirma den tiefroten Anstrich der Mauern, dabei wurden wertvolle Ornamente übermalt. Das serbische Kulturministerium verurteilte die Handlung und kritisierte den Bischof scharf, der Akt aber blieb bis heute ohne Folgen.

Im Innenhof gedeiht ein prächtiger, über 750 Jahre alter Maulbeerbaum, damals gepflanzt von Erzbischof Sava II.

(Täglich von 9.30-17 h, Ausweiskontrolle am Checkpoint).