Südlich der Yashar-Pasha-Moschee liegt das Kosovo Nationalmuseum. Das bedeutendste und größte Museum des Landes wurde 1949 zur Restaurierung, Erhaltung, Konservierung und Präsentation des kulturellen Erbes der damaligen Provinz Kosovo gegründet. Es beherbergt mehr als 50.000 Exponate aus den Bereichen Archäologie, Münzkunde, Ethnologie, modernere Geschichte und Natur. Weitere 1.200 Artefakte sollen in naher Zukunft aus dem Belgrader Nationalmuseum überführt werden, das wertvollste Stück, eine 6000 Jahre alte neolithische Gottheit aus Terracotta, welche 1956 in der Nähe von Prishtina gefunden wurde, zählt bereits zu den Ausstellungsstücken.

Dieser Gebäudekomplex stammt stammt aus dem Jahr 1889 und weist einen typisch österreichisch-ungarischen Baustil auf, ursprünglich diente er militärischen Zwecken und von 1945-75 als Sitz der jugoslawischen Armee. Im dritten Stock sind die Arbeitsräume des Archäologischen Instituts untergebracht.

Die ethnografische Abteilung befindet sich in einem ausgelagerten Komplex im Norden der Altstadt. 2014 wurde das Museum nach umfangreichen Restaurierungsarbeiten wiedereröffnet, Infotafeln auf englisch sind vorhanden. (Eintritt bislang kostenlos, geöffnet Mo - Sa, 10.00 - 20.00 h).