Uno dei luoghi di interesse culturale più importanti vicino a Pejë e in tutto il paese è il Monastero Patriarcale, che si trova direttamente all'ingresso della Gola di Rugova sul fiume Bistrica.

Le origini dell'imponente complesso monastico medievale, immerso in giardini molto ben curati, risalgono all'inizio del XIII secolo. La sede patriarcale era il centro spirituale degli arcivescovi serbi e anche il luogo di sepoltura di molti di essi. Con i suoi tesori d'arte e i suoi santuari, il convento è considerato un tesoro della storia serba e uno dei luoghi più sacri della Chiesa ortodossa serba. Nel 2006, l'edificio unico è stato inserito nella Lista del Patrimonio Mondiale dell'UNESCO e nel 1947 è stato dichiarato monumento culturale di eccezionale importanza. Allo stesso tempo, tuttavia, è nella Lista Rossa dei monumenti protetti a causa della situazione di sicurezza ancora difficile. Oggi, la tenuta è gestita da monache ortodosse sotto la protezione della KFOR.

Poiché il monastero di Žiča sul fiume Ibar (vicino a Kraljevo/Serbia), la prima sede dell'arcivescovado ortodosso serbo, era gravemente minacciato dall'esercito ungherese, San Sava di Serbia affidò al suo successore Arsenije il compito di scegliere una nuova sede per l'arcivescovado. Nel primo terzo del XIII secolo, la Chiesa dei Santi Apostoli fu costruita sulle rovine di una piccola chiesa dell'XI secolo in questa posizione esposta all'uscita della Gola di Rugova. Lo stile era molto semplice, con una navata unica, una cupola e un'abside semicircolare. I primi affreschi furono dipinti tra il 1250 e il 1260, e la chiesa ortodossa serba temporanea si trovava qui dal 1253 al 1285 prima di essere trasferita qui permanentemente dal Monastero di Žiča nel 1291.

La piccola cappella laterale della Chiesa degli Apostoli fu sostituita tra il 1321 e il 1324 dalla Chiesa di Demetrio in stile bizantino con pianta a croce, e tra il 1330 e il 1337, a sud, furono costruite la chiesa della Madre di Dio Odigitria (Chiesa di Santa Maria) e la Cappella di San Nicola. Nel 1346, Stefan Uroš IV. Dušan concesse a Pejë il rango di patriarcato. E anche dopo che gli Ottomani presero il controllo dell'Impero Serbo, Pejë rimase la sede della Chiesa Ortodossa Serba fino alla morte di Arsenije II nel 1463, quando il patriarcato fu abolito dal Sultano Mehmed II, ma subì un'ampia restaurazione ed espansione, e furono anche creati nuovi affreschi.

Nel XVI secolo, il complesso fu riorganizzato in un'unità chiusa e da allora unì quattro chiese con un nartece comune e aperto per le tre più grandi. Alla fine del XVII secolo, la guerra austro-turca rappresentò una minaccia per il patriarcato. I più preziosi tesori della chiesa furono portati a Graçanica, ma furono scoperti lì dai Turchi e saccheggiati. Lo stesso accadde ai tesori rimasti a Pejë quando Arsenije III fuggì in Austria nel 1689. Gran parte dei beni di valore furono successivamente riacquistati.

Nel XVIII secolo, Pejë subì pressioni dal Patriarcato Ecumenico di Costantinopoli e infine passò sotto il dominio greco. Nel 1831, il patriarcato fu nuovamente saccheggiato, questa volta dal Pascià Arslan di Bosnia. A metà del XIX secolo, fu costruita una foresteria, il mulino ad acqua fu restaurato e gli affreschi furono ampliati. Dopo la fine della Prima Guerra Mondiale, il patriarcato riacquistò la sua piena funzione, ma fu convertito in monastero dopo la Seconda Guerra Mondiale. Furono condotti ampi lavori archeologici e furono scoperte mura di templi e un cimitero dell'era paleocristiana. Le imponenti stele recano iscrizioni in latino.

Nel 1981, il vecchio dormitorio fu incendiato da estremisti albanesi e durante la guerra il monastero fu ripetutamente sottoposto ad attacchi brutali. Oggi, l'ex patriarcato è ancora un importante centro ortodosso serbo nella regione, con 26 monache e un abate che vi vivono sotto la protezione dei soldati italiani della KFOR.

Nonostante le diverse epoche, il complesso monastico si presenta come un'unità armoniosa ed è considerato unico nell'architettura ecclesiastica serba. Gli affreschi ben conservati illustrano vividamente lo sviluppo della pittura ecclesiastica serba nel corso di quattro secoli. Lo stile bizantino domina nella Chiesa degli Apostoli, con raffigurazioni generali come l'Ascensione nella cupola, l'Ultima Cena e la Resurrezione di Lazzaro. Le raffigurazioni nella Chiesa di San Demetrio descrivono le vite dei santi e le feste ecclesiastiche. Gli affreschi nella Chiesa di Santa Maria sono dedicati a Gesù e ai profeti, nonché all'albero genealogico dei Nemanjidi. L'ampio tesoro del monastero include icone dal XIV al XIX secolo e manoscritti in antico slavo. Il patriarcato è anche il più grande mausoleo di dignitari serbi. Arcivescovi furono sepolti qui dal XIII al XV secolo e nel XVII secolo, e il monastero contiene reliquie di importanti leader ecclesiastici serbi. Nel 2006, il monastero è stato restaurato e due affreschi precedentemente sconosciuti sono stati scoperti sulla facciata esterna della Chiesa di San Demetrio. Nel marzo 2009, il vescovo Artemije fece dipingere le pareti di un colore rosso intenso da una sua impresa di costruzioni in un'operazione segreta, coprendo così preziose ornamentazioni. Il Ministero della Cultura serbo condannò l'azione e criticò aspramente il vescovo, ma l'atto è rimasto senza conseguenze fino ad oggi.

Un magnifico gelso di oltre 750 anni, piantato all'epoca dall'arcivescovo Sava II, prospera nel cortile interno.

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