Dedicata a San Clemente, il terzo papa dopo San Pietro. Ci sono 3 livelli, ognuno appartenente a un'epoca diversa. Al livello principale le colonne sono state "riciclate" da antichi monumenti romani. Gli archi situati vicino alla porta della sacrestia/biglietteria per il sito archeologico provengono dalla basilica sotterranea. Non sono ammesse foto o video nel sottosuolo.

San Clemente, vicino al Colosseo, è un esempio perfetto di come la storia esista ancora a strati nelle chiese di Roma. L'attuale chiesa del XII secolo presenta probabilmente il mosaico più bello di Roma, e si trova sopra una chiesa del IV secolo costruita su un luogo di incontro cristiano del I secolo che è sopra un tempio e una scuola mitraica del I secolo a.C. I resti di San Clemente I (morto nell'80) e di Sant'Ignazio di Antiochia (morto nel 107) riposano sotto l'altare maggiore. Una cappella sul lato destro della navata è dedicata ai Santi Cirillo (morto nell'869) e Metodio (morto nell'885). La reliquia di San Cirillo, trovata negli anni '60, riposa all'interno dell'altare di questa cappella.