Jednym z najważniejszych zabytków kultury w pobliżu Pejë i w całym kraju jest Monaster Patriarchalny, położony bezpośrednio przy wejściu do Wąwozu Rugova nad rzeką Bistrica.
Początki imponującego średniowiecznego kompleksu klasztornego, położonego pośród bardzo zadbanych ogrodów, sięgają początku XIII wieku. Siedziba patriarchalna była duchowym centrum serbskich arcybiskupów, a także miejscem pochówku wielu z nich. Ze swoimi skarbami sztuki i relikwiami, klasztor jest uważany za skarbnicę serbskiej historii i jedno z najświętszych miejsc Serbskiego Kościoła Prawosławnego. W 2006 roku ten unikalny budynek trafił na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO, a w 1947 roku został uznany za wyjątkowo ważny zabytek kultury. Jednocześnie jednak znajduje się na Czerwonej Liście zabytków chronionych ze względu na wciąż trudną sytuację bezpieczeństwa. Dziś posiadłość jest zarządzana przez prawosławne mniszki pod ochroną KFOR.
Ponieważ klasztor Žiča nad rzeką Ibar (w pobliżu Kraljeva/Serbia), pierwsza siedziba serbskiego arcybiskupstwa prawosławnego, był poważnie zagrożony przez armię węgierską, św. Sawa Serbski powierzył swojemu następcy Arsenijemu wybór nowej lokalizacji dla arcybiskupstwa. W pierwszej trzeciej XIII wieku, na ruinach małego kościoła z XI wieku, w tym eksponowanym miejscu u wyjścia z Wąwozu Rugova, zbudowano Cerkiew Świętych Apostołów. Styl był bardzo prosty, z jedną nawą, kopułą i półkolistą absydą. Pierwsze freski zostały namalowane między 1250 a 1260 rokiem, a tymczasowa serbska cerkiew prawosławna znajdowała się tu od 1253 do 1285 roku, zanim została tu przeniesiona na stałe z klasztoru Žiča w 1291 roku.
Mała boczna kaplica Cerkwi Apostołów została zastąpiona w latach 1321-1324 przez cerkiew św. Dymitra w stylu bizantyjskim z planem krzyżowym, a w latach 1330-1337 na południu zbudowano cerkiew Matki Bożej Hodegetrii (Cerkiew Najświętszej Marii Panny) oraz Kaplicę św. Mikołaja. W 1346 roku Stefan Uroš IV. Dušan nadał Pejë rangę patriarchatu. I nawet po przejęciu kontroli nad Imperium Serbskim przez Osmanów, Pejë pozostało siedzibą Serbskiego Kościoła Prawosławnego aż do śmierci Arsenija II w 1463 roku, kiedy to patriarchat został zniesiony przez sułtana Mehmeda II, ale przeszedł gruntowną renowację i rozbudowę, a także powstały nowe freski.
W XVI wieku kompleks został przebudowany w zamkniętą całość i od tego czasu łączył cztery cerkwie ze wspólnym, otwartym narteksem dla trzech dużych. Pod koniec XVII wieku wojna austriacko-turecka stanowiła zagrożenie dla patriarchatu. Najcenniejsze skarby cerkiewne zostały zabrane do Graçanicy, ale tam odkryte przez Turków i splądrowane. To samo stało się ze skarbami pozostałymi w Pejë, gdy Arsenije III uciekł do Austrii w 1689 roku. Duża część kosztowności została później odkupiona.
W XVIII wieku Pejë znalazło się pod presją Ekumenicznego Patriarchatu Konstantynopola i ostatecznie przeszło pod panowanie greckie. W 1831 roku patriarchat został ponownie splądrowany, tym razem przez paszę Arslana z Bośni. W połowie XIX wieku zbudowano pensjonat, odrestaurowano młyn wodny i rozbudowano freski. Po zakończeniu I wojny światowej patriarchat odzyskał pełną funkcję, ale po II wojnie światowej został przekształcony w klasztor. Przeprowadzono szeroko zakrojone prace archeologiczne, odkrywając ściany świątyni i cmentarz z wczesnochrześcijańskiej epoki. Imponujące stele noszą inskrypcje łacińskie.
W 1981 roku stary akademik został podpalony przez albańskich ekstremistów, a podczas wojny klasztor był wielokrotnie poddawany brutalnym atakom. Dziś dawny patriarchat jest nadal ważnym serbskim ośrodkiem prawosławnym w regionie, gdzie mieszka 26 mniszek i opat pod ochroną włoskich żołnierzy KFOR.
Mimo różnych epok, kompleks klasztorny prezentuje się jako harmonijna całość i jest uważany za unikalny w serbskiej architekturze cerkiewnej. Dobrze zachowane freski żywo ilustrują rozwój serbskiego malarstwa cerkiewnego na przestrzeni czterech wieków. Styl bizantyjski dominuje w Cerkwi Apostołów, z ogólnymi przedstawieniami, takimi jak Wniebowstąpienie w kopule, Ostatnia Wieczerza i Wskrzeszenie Łazarza. Przedstawienia w Cerkwi św. Dymitra opisują życie świętych i święta cerkiewne. Freski w Cerkwi Najświętszej Marii Panny poświęcone są Jezusowi i prorokom, a także drzewu genealogicznemu Nemaniczów. Obszerny skarbiec klasztorny zawiera ikony z XIV do XIX wieku oraz rękopisy w języku starosłowiańskim. Patriarchat jest również największym mauzoleum serbskich dostojników. Arcybiskupi byli tu chowani od XIII do XV wieku oraz w XVII wieku, a klasztor zawiera relikwie ważnych serbskich przywódców cerkiewnych. W 2006 roku klasztor został odrestaurowany i odkryto dwa wcześniej nieznane freski na zewnętrznej fasadzie Cerkwi św. Dymitra. W marcu 2009 roku biskup Artemije zlecił swojej firmie budowlanej pomalowanie ścian na głęboki czerwony kolor w tajnej operacji, zamalowując przy tym cenne ornamenty. Serbskie Ministerstwo Kultury potępiło to działanie i ostro skrytykowało biskupa, ale czyn ten do dziś pozostał bez konsekwencji.
Na wewnętrznym dziedzińcu rośnie wspaniałe, ponad 750-letnie drzewo morwowe, posadzone w swoim czasie przez arcybiskupa Sawę II.
(codziennie od 9:30 do 17:00, kontrola dowodu osobistego na punkcie kontrolnym).