Poświęcony Świętemu Klemensowi, trzeciemu papieżowi po Świętym Piotrze. Istnieją 3 poziomy, każdy należący do innej epoki. Na głównym poziomie kolumny są „recyklingowane” ze starożytnych rzymskich pomników. Łuki znajdujące się przy drzwiach do zakrystii/kasy biletowej na stanowisko archeologiczne pochodzą z podziemnej bazyliki. Pod ziemią nie wolno robić zdjęć ani nagrywać filmów.

San Clemente, w pobliżu Koloseum, to doskonały przykład tego, jak historia wciąż istnieje warstwami w rzymskich kościołach. Obecny XII-wieczny kościół szczyci się prawdopodobnie najpiękniejszą mozaiką w Rzymie i stoi na IV-wiecznym kościele zbudowanym na I-wiecznym miejscu spotkań chrześcijan, które znajduje się nad I-wieczną świątynią i szkołą mitraicką. Szczątki św. Klemensa I (zm. 80) i św. Ignacego Antiocheńskiego (zm. 107) spoczywają pod głównym ołtarzem. Kaplica po prawej stronie nawy jest poświęcona świętym Cyrylowi (zm. 869) i Metodemu (zm. 885). Relikwia św. Cyryla znaleziona w latach 60. XX wieku spoczywa w ołtarzu tej kaplicy.