Um dos pontos turísticos culturais mais importantes perto de Pejë e em todo o país é o Mosteiro Patriarcal, que fica localizado diretamente na entrada do Desfiladeiro de Rugova, no Rio Bistrica.

As origens do impressionante complexo monástico medieval, no meio de jardins muito bem cuidados, remontam ao início do século XIII. A sede patriarcal era o centro espiritual dos arcebispos sérvios e também o local de sepultamento de muitos deles. Com seus tesouros de arte e santuários, o convento é considerado um tesouro da história sérvia e um dos lugares mais sagrados da Igreja Ortodoxa Sérvia. Em 2006, o edifício único foi incluído na Lista do Património Mundial da UNESCO e, em 1947, foi declarado um monumento cultural de importância excecional. Ao mesmo tempo, no entanto, está na Lista Vermelha de monumentos protegidos devido à situação de segurança ainda difícil. Hoje, a propriedade é administrada por freiras ortodoxas sob a proteção da KFOR.

Como o mosteiro de Žiča, no Rio Ibar (perto de Kraljevo/Sérvia), a primeira sede do arcebispado ortodoxo sérvio, estava severamente ameaçado pelo exército húngaro, São Sava da Sérvia encarregou seu sucessor Arsenije de escolher um novo local para o arcebispado. No primeiro terço do século XIII, a Igreja dos Santos Apóstolos foi construída sobre as ruínas de uma pequena igreja do século XI neste local exposto, na saída do Desfiladeiro de Rugova. O estilo era muito simples, com uma única nave, uma cúpula e uma abside semicircular. Os primeiros frescos foram pintados entre 1250 e 1260, e a igreja ortodoxa sérvia temporária esteve localizada aqui de 1253 a 1285, antes de ser permanentemente transferida do Mosteiro de Žiča em 1291.

A pequena capela lateral da Igreja dos Apóstolos foi substituída entre 1321 e 1324 pela Igreja de Demétrio, de estilo bizantino, com planta cruciforme, e entre 1330 e 1337, a igreja da Mãe de Deus Hodegetria (Igreja de Santa Maria) e a Capela de São Nicolau foram construídas ao sul. Em 1346, Stefan Uroš IV. Dušan concedeu a Pejë o título de patriarcado. E mesmo depois de os otomanos assumirem o controlo do Império Sérvio, Pejë permaneceu a sede da Igreja Ortodoxa Sérvia até a morte de Arsenije II em 1463, quando o patriarcado foi abolido pelo Sultão Maomé II, mas passou por extensa restauração e expansão, e novos frescos também foram criados.

No século XVI, o complexo foi remodelado para uma unidade fechada e, a partir de então, uniu quatro igrejas com um nártex comum e aberto para as três maiores. No final do século XVII, a Guerra Austro-Turca representou uma ameaça ao patriarcado. Os tesouros mais valiosos da igreja foram levados para Graçanica, mas foram descobertos lá pelos turcos e saqueados. O mesmo aconteceu com os tesouros restantes em Pejë quando Arsenije III fugiu para a Áustria em 1689. Grande parte dos objetos de valor foi posteriormente comprada de volta.

No século XVIII, Pejë sofreu pressão do Patriarcado Ecuménico de Constantinopla e finalmente ficou sob domínio grego. Em 1831, o patriarcado foi novamente saqueado, desta vez pelo Paxá Arslan da Bósnia. Em meados do século XIX, uma casa de hóspedes foi construída, o moinho de água foi restaurado e os frescos foram ampliados. Após o fim da Primeira Guerra Mundial, o patriarcado recuperou a sua função plena, mas foi convertido em mosteiro após a Segunda Guerra Mundial. Foram realizadas extensas obras arqueológicas e foram descobertas paredes de templos e um cemitério da era cristã primitiva. As imponentes estelas contêm inscrições em latim.

Em 1981, o antigo dormitório foi incendiado por extremistas albaneses e, durante a guerra, o mosteiro foi repetidamente submetido a ataques brutais. Hoje, o antigo patriarcado ainda é um importante centro ortodoxo sérvio na região, com 26 freiras e um abade a viverem lá sob a proteção de soldados italianos da KFOR.

Apesar das diferentes épocas, o complexo monástico apresenta-se como uma unidade harmoniosa e é considerado único na arquitetura eclesiástica sérvia. Os frescos bem preservados ilustram vividamente o desenvolvimento da pintura eclesiástica sérvia ao longo de quatro séculos. O estilo bizantino domina na Igreja dos Apóstolos, com representações gerais como a Ascensão na cúpula, a Última Ceia e a Ressurreição de Lázaro. As representações na Igreja de São Demétrio descrevem as vidas dos santos e as festividades da igreja. Os frescos na Igreja de Santa Maria são dedicados a Jesus e aos profetas, bem como à árvore genealógica dos Nemanjids. O extenso tesouro do mosteiro inclui ícones dos séculos XIV a XIX e manuscritos em eslavo antigo. O patriarcado é também o maior mausoléu de dignitários sérvios. Arcebispos foram sepultados aqui do século XIII ao XV e no século XVII, e o mosteiro contém relíquias de importantes líderes da igreja sérvia. Em 2006, o mosteiro foi restaurado e dois frescos anteriormente desconhecidos foram descobertos na fachada externa da Igreja de São Demétrio. Em março de 2009, o Bispo Artemije mandou a sua própria empresa de construção pintar as paredes de uma cor vermelho-escuro numa operação secreta, pintando por cima de ornamentos valiosos no processo. O Ministério da Cultura sérvio condenou a ação e criticou duramente o bispo, mas o ato permaneceu sem consequências até hoje.

Uma magnífica amoreira com mais de 750 anos, plantada na época pelo Arcebispo Sava II, prospera no pátio interior.

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