Dedicada a São Clemente, o terceiro papa depois de São Pedro. Existem 3 níveis, cada um pertencente a uma era diferente. No nível principal, as colunas são "recicladas" de antigos monumentos romanos. Os arcos localizados perto da porta para a área da sacristia/bilheteria do sítio arqueológico são da basílica subterrânea. Não são permitidas fotos ou vídeos no subsolo.

San Clemente, perto do Coliseu, é um exemplo perfeito de como a história ainda existe em camadas nas igrejas de Roma. A atual igreja do século XII apresenta provavelmente o mosaico mais bonito de Roma e fica no topo de uma igreja do século IV construída sobre um local de encontro cristão do século I, que está acima de um templo e escola mitraica do século I a.C. Os restos mortais de São Clemente I (falecido em 80) e de Santo Inácio de Antioquia (falecido em 107) repousam sob o altar-mor. Uma capela no lado direito da nave é dedicada aos Santos Cirilo (falecido em 869) e Metódio (falecido em 885). A relíquia de São Cirilo, encontrada na década de 1960, repousa dentro do altar desta capela.