En av de viktigaste kultursevärdheterna nära Pejë och i landet som helhet är Patriarkala klostret, som ligger direkt vid ingången till Rugovaklyftan vid floden Bistrica.

Ursprunget till det imponerande medeltida klosterkomplexet mitt i de mycket välskötta trädgårdarna går tillbaka till tidigt 1200-tal. Patriarkatets säte var det andliga centrumet för de serbiska ärkebiskoparna och även gravplatsen för många av dem. Med sina konstskatter och helgedomar anses konventet vara en skattkammare för serbisk historia och en av de heligaste platserna för den serbisk-ortodoxa kyrkan. År 2006 kom den unika byggnaden med på UNESCO:s världsarvslista, och 1947 förklarades den som ett exceptionellt viktigt kulturmonument. Samtidigt finns den dock med på Röda listan över skyddade monument på grund av den fortfarande svåra säkerhetssituationen. Idag drivs egendomen av ortodoxa nunnor under skydd av KFOR.

Eftersom Žiča-klostret vid floden Ibar (nära Kraljevo/Serbien), det första sätet för det serbisk-ortodoxa ärkebiskopsdömet, var allvarligt hotat av den ungerska armén, anförtrodde Sankt Sava av Serbien sin efterträdare Arsenije att välja en ny plats för ärkebiskopsdömet. Under första tredjedelen av 1200-talet byggdes De heliga apostlarnas kyrka på ruinerna av en liten kyrka från 1000-talet på denna utsatta plats vid utgången av Rugovaklyftan. Stilen var mycket enkel, med ett enda långhus, en kupol och en halvcirkelformad absid. De första freskerna målades mellan 1250 och 1260, och den tillfälliga serbisk-ortodoxa kyrkan låg här från 1253 till 1285 innan den flyttades hit permanent från Žiča-klostret 1291.

Det lilla sidokapellet i Apostlakyrkan ersattes mellan 1321 och 1324 av den bysantinska Demetriuskyrkan med en korsformad grundplan, och mellan 1330 och 1337 byggdes Gudsmoderskyrkan Hodegetria (Sankta Marias kyrka) och Sankt Nikolaus kapell i söder. År 1346 gav Stefan Uroš IV. Dušan Pejë rangen av patriarkat. Och även efter att ottomanerna tog kontroll över det serbiska riket förblev Pejë säte för den serbisk-ortodoxa kyrkan fram till Arsenije II:s död 1463, då patriarkatet avskaffades av Sultan Mehmed II, men genomgick omfattande restaurering och utbyggnad, och nya fresker skapades också.

På 1500-talet omvandlades komplexet till en sluten enhet och förenade därefter fyra kyrkor med en gemensam, öppen narthex för de tre stora. I slutet av 1600-talet utgjorde det österrikisk-turkiska kriget ett hot mot patriarkatet. De mest värdefulla kyrkoskatterna fördes till Graçanica, men upptäcktes där av turkarna och plundrades. Detsamma hände med de skatter som fanns kvar i Pejë när Arsenije III flydde till Österrike 1689. En stor del av värdesakerna köptes senare tillbaka.

På 1700-talet kom Pejë under press från det ekumeniska patriarkatet i Konstantinopel och hamnade slutligen under grekiskt styre. År 1831 plundrades patriarkatet igen, denna gång av Pasha Arslan av Bosnien. I mitten av 1800-talet byggdes ett gästhus, vattenkvarnen restaurerades och freskerna utökades. Efter första världskrigets slut återfick patriarkatet sin fulla funktion, men omvandlades till ett kloster efter andra världskriget. Omfattande arkeologiska arbeten utfördes och tempelväggar samt en kyrkogård från tidig kristen tid upptäcktes. De imponerande stenarna bär inskriptioner på latin.

År 1981 sattes det gamla sovsalen i brand av albanska extremister och under kriget utsattes klostret upprepade gånger för brutala attacker. Idag är det tidigare patriarkatet fortfarande ett viktigt serbisk-ortodoxt centrum i regionen, med 26 nunnor och en abbot som bor där under skydd av italienska KFOR-soldater.

Trots de olika epokerna presenterar klosterkomplexet sig som en harmonisk enhet och anses vara unikt inom serbisk kyrkoarkitektur. De välbevarade freskerna illustrerar levande utvecklingen av serbisk kyrkomålning under fyra århundraden. Den bysantinska stilen dominerar i Apostlakyrkan, med allmänna skildringar som Kristi himmelsfärd i kupolen, Nattvarden och Lasarus uppväckande. Skildringarna i Sankt Demetrius kyrka beskriver helgonens liv och kyrkliga högtider. Freskerna i Sankta Marias kyrka är tillägnade Jesus och profeterna samt Nemanjidernas släktträd. Den omfattande klosterskatten inkluderar ikoner från 1300- till 1800-talet och manuskript på gammalslaviska. Patriarkatet är också det största mausoleet för serbiska dignitärer. Ärkebiskopar begravdes här från 1200- till 1400-talet och på 1600-talet, och klostret innehåller reliker av viktiga serbiska kyrkoledare. År 2006 restaurerades klostret och två tidigare okända fresker upptäcktes på Sankt Demetrius kyrkas yttre fasad. I mars 2009 lät biskop Artemije sitt eget byggföretag måla väggarna en djupröd färg i en hemlig operation, och målade över värdefulla ornament i processen. Det serbiska kulturministeriet fördömde handlingen och kritiserade biskopen skarpt, men handlingen har förblivit utan konsekvenser fram till idag.

Ett magnifikt över 750 år gammalt mullbärsträd, planterat på sin tid av ärkebiskop Sava II, frodas på innergården.

(dagligen kl. 9.30-17, ID-kontroll vid kontrollpunkten).