Tillägnad Sankt Clemens, den tredje påven efter Sankt Petrus. Det finns 3 nivåer som var och en tillhör en annan era. På huvudnivån är pelarna "återvunna" från antika romerska monument. Bågarna som ligger vid dörren till sakristian/biljettkontoret för den arkeologiska platsen är från den underjordiska basilikan. Inga bilder eller videor är tillåtna under jord.

San Clemente, nära Colosseum, är ett perfekt exempel på hur historien fortfarande existerar i lager i Roms kyrkor. Den nuvarande kyrkan från tolvhundratalet har förmodligen den vackraste mosaiken i Rom, och ligger ovanpå en kyrka från fyrahundratalet som byggdes över en kristen mötesplats från första århundradet som ligger ovanför ett Mithraistempel och en skola från första århundradet f.Kr. Kvarlevorna av Sankt Clemens I (d. 80) och Sankt Ignatius av Antiochia (d. 107) vilar under huvudaltaret. Ett kapell på höger sida av långhuset är tillägnat Sankt Kyrillos (d. 869) och Sankt Methodios (d. 885). Reliken av Sankt Kyrillos som hittades på 1960-talet vilar i altaret i detta kapell.