这座教堂献给圣彼得之后的第三任教宗圣克莱门特。它共有三层，每一层都属于不同的时代。主层的柱子是从古罗马纪念碑“回收”而来的。位于圣器室/考古遗址售票处门口的拱门来自地下大教堂。地下不允许拍照或录像。

圣克莱门特教堂位于罗马斗兽场附近，是罗马教堂中历史层层叠叠的完美典范。这座建于12世纪的教堂拥有罗马最美丽的马赛克之一，它坐落在一座4世纪的教堂之上，而这座4世纪的教堂又建在1世纪的基督教聚会场所之上，再往下则是公元前1世纪的密特拉神庙和学校。圣克莱门特一世（卒于公元80年）和安提阿的圣伊格内修斯（卒于公元107年）的遗骸安息在主祭坛下方。中殿右侧的一个小礼拜堂是献给圣西里尔（卒于公元869年）和圣美多德（卒于公元885年）的。1960年代发现的圣西里尔遗物就安放在这个小礼拜堂的祭坛内。