La primera capital de la Isla de San Miguel.

Vila Franca do Campo muestra su lema municipal, Quis sicut deus?, en su bandera y en su escudo de armas. Esta frase latina significa "¿Quién como Dios?". Es una referencia a San Miguel Arcángel, por quien la isla de São Miguel recibe su nombre; en hebreo, el nombre, Michael, significa "el que es como Dios".

Fundado a mediados del siglo XV por Gonçalo Vaz Botelho, el asentamiento fue elevado al estatus de vila (ciudad) en 1472; Vila Franca do Campo se convirtió rápidamente en el asentamiento más grande y la sede administrativa de la isla de São Miguel.

La mayor tragedia que azotó las Azores ocurrió el 20 de octubre de 1522, cuando un violento terremoto golpeó la zona de Vila Franca do Campo, entonces capital del archipiélago y el asentamiento azoriano más importante. Durante el terremoto y el posterior deslizamiento de tierra, 5000 personas murieron, escapando de la tragedia el entonces Capitán-Donatario Rui Gonçalves da Câmara II: él estaba relajándose en su casa de verano en Lagoa en el momento de la tragedia. Muchos de los residentes fueron enterrados vivos por un deslizamiento de tierra y escombros. Debido a su destrucción, la capital de São Miguel fue trasladada a Ponta Delgada, donde el Capitán-Donatario instaló su administración en una residencia cerca de la Iglesia de São Pedro. El Rey Juan III finalmente elevó Ponta Delgada al estatus de ciudad el 2 de abril de 1546, atrayendo cada vez más actividad económica y asentamiento.

Tras la batalla naval de 1582 frente a la costa de São Miguel, los vencedores españoles hicieron ejecutar a varios cientos de prisioneros franceses y portugueses en la ciudad.

La ciudad comenzó a prosperar de nuevo a partir del siglo XVIII gracias a las plantaciones de naranjos y, más tarde, a la producción de piña.