Gewijd aan Sint Clemens, de derde paus na Sint Petrus. Er zijn 3 niveaus, elk behorend tot een ander tijdperk. Op het hoofdniveau zijn de zuilen 'gerecycled' van oude Romeinse monumenten. De bogen bij de deur naar de sacristie/kassa voor de archeologische site zijn afkomstig van de ondergrondse basiliek. Foto's of video's zijn ondergronds niet toegestaan.

San Clemente, vlakbij het Colosseum, is een perfect voorbeeld van hoe de geschiedenis nog steeds in lagen bestaat in de kerken van Rome. De huidige twaalfde-eeuwse kerk heeft waarschijnlijk het mooiste mozaïek van Rome en staat bovenop een vierde-eeuwse kerk die is gebouwd over een eerste-eeuwse christelijke ontmoetingsplaats, die weer boven een eerste-eeuwse v.Chr. Mithraïsche tempel en school ligt. De overblijfselen van Sint Clemens I (gest. 80) en van Sint Ignatius van Antiochië (gest. 107) rusten onder het hoofdaltaar. Een kapel aan de rechterkant van het schip is gewijd aan de heiligen Cyrillus (gest. 869) en Methodius (gest. 885). De relikwie van Sint Cyrillus, gevonden in de jaren zestig, rust in het altaar van deze kapel.