Los interiores góticos de la Iglesia de los Agustinos son algunos de los más sencillos, pero a la vez más impactantes de la ciudad. Columnas altas y esbeltas se elevan y guían la vista hacia el altar mayor. La luz se filtra a través de estrechas ventanas en tonos plateados y apagados, proyectando largas sombras que se extienden por el suelo de piedra. El efecto es casi monástico en un espacio despojado de excesos, que se inclina hacia una austeridad medieval que se siente a la vez arraigada y de otro mundo.

A lo largo del lado derecho se encuentra una de las características más hermosas de la iglesia, el monumento de Antonio Canova a la archiduquesa María Cristina, una tumba piramidal que se siente como un portal al inframundo. Figuras talladas en mármol blanco ascienden los escalones de la pirámide en una procesión hacia la oscuridad interior.

A un lado de la nave se encuentra uno de los espacios más atmosféricos de la iglesia. La Capilla de Loreto, hogar de la Herzgruft de los Habsburgo (la Cripta de los Corazones) debido a su tradición de fragmentación del cuerpo después de la muerte. Aquí, urnas de plata que contienen los corazones de emperadores y archiduques descansan detrás de rejas de hierro forjado.