Die gotischen Innenräume der Augustinerkirche gehören zu den schlichtesten und doch beeindruckendsten der Stadt. Hohe, schlanke Säulen erheben sich und lenken den Blick zum Hochaltar. Licht fällt durch schmale Fenster in gedämpften, silbrigen Tönen herein und wirft lange Schatten, die sich über den Steinboden ziehen. Der Effekt ist fast klösterlich in einem Raum, der von Überflüssigem befreit ist und sich einer mittelalterlichen Strenge hingibt, die sowohl erdend als auch jenseitig wirkt.

Auf der rechten Seite befindet sich eines der schönsten Merkmale der Kirche: Antonio Canovas Denkmal für Erzherzogin Maria Christina, ein pyramidenförmiges Grabmal, das wie ein Portal in die Unterwelt wirkt. Aus weißem Marmor gehauene Figuren steigen in einer Prozession die Stufen der Pyramide hinauf, der Dunkelheit im Inneren entgegen.

An der Seite des Kirchenschiffs liegt einer der stimmungsvollsten Räume der Kirche. Die Loreto-Kapelle, die Heimat der Habsburger Herzgruft (der Herzgruft) aufgrund ihrer Tradition der Körperfragmentierung nach dem Tod. Hier ruhen silberne Urnen mit den Herzen von Kaisern und Erzherzögen hinter schmiedeeisernen Toren.